阿里巴巴集团官微发出“关于克林顿基金会的情况说明”称：2005年阿里巴巴集团曾捐赠克林顿基金会25万美元，用于“发展中国家的艾滋病治疗与关怀”。
克林顿基金会由克林顿在第二任总统卸任时建立，是一家全球性非政府组织。其主要业务包含五大方向：气候变化、经济发展、女性权益、全球卫生和公共健康。
基金会的募款来源广泛，包括各国政府和众多跨国企业。查询基金会捐赠记录可见，如澳大利亚、挪威、沙特等国捐款超过1000万美元；可口可乐、微软、汇丰、花旗、通用等企业捐款在500万美元左右；包括阿里巴巴在内的一批中国企业和机构，捐赠额不超过100万美元。
事实上，克林顿基金会的捐赠记录从2008年起公开可查，并不属于所谓的“希拉里邮件门”曝光内容；款项使用接受相关法规监管，严格用于公益慈善领域。
阿里巴巴集团也强调：在公益慈善领域，阿里巴巴“作为一家来自世界第二大经济体的企业，一家面向全球的企业，我们必须学会责任担当”。
在“情况说明”中，阿里巴巴同时梳理了近年来在公益领域的诸多投入。包括：
从2008年持续至今的汶川灾区重建；从2010年起将每年营业收入的0.3%纳入公益基金用于环境保护，累计已捐赠4.1亿元；马云和蔡崇信以集团总股本的2%成立个人公益信托基金(马云个人捐赠额达145亿元)；截至2016财年，阿里旗下平台推动社会公众逾33亿人次参加公益行动，累积2.8亿买家、150多万卖家通过阿里平台参与公益；截至2016财年，阿里公益基金共资助73个国内外项目，其中环境保护领域47个。
阿里巴巴在2005年向克林顿基金会捐款，当时克林顿早已卸任，至于今天希拉里参选美国总统，也并非一家中国企业能够预见。
最先在微博上发出相关内容的学者梅新育也登出文章《不要误伤中国企业开拓国际市场的努力》为阿里巴巴澄清：“如果我们把误解和国内的一些纷争带入对外事务，那么就有可能损害我们自己的利益，给在一线冲锋陷阵开拓国际市场的中国企业造成别人无法造成的损伤。”
阿里巴巴集团在“说明”中同时表示，对公益事业的持续投入绝不会受到误解的影响：“尽管做过的事情远远不能说完美，但我们想做的事情还会很多。中国企业应该有全球眼光，直面并担当疾病、贫穷、环保等领域的世界责任。”
附：
阿里巴巴关于“克林顿基金会”的情况说明
1.阿里巴巴是最早参与国际艾滋病关怀与治疗的中国公司。2005年，阿里巴巴捐助克林顿基金会25万美金。与参与捐助的各国政府和众多跨国企业相比，我们给的钱不多；那时候阿里巴巴集团还未盈利，淘宝很小，我们随时做好被市场淘汰的准备。
2.我们认同基金会“发展中国家的艾滋病的治疗与关怀”的宗旨，希望将预防与关怀治疗结合起来，遏制全球艾滋病疫情快速蔓延的势头，并给艾滋病感染者和患者提供的优质医疗服务。不是每个人都有能力做慈善，但公益没有门槛，出我们能出的力，就尽到了我们能尽的心。我们参与全球公益和慈善的事业才刚刚开始，中国企业以前做的不是太多，而是不够。作为一家来自世界第二大经济体的企业，一家面向全球的企业，我们必须学会责任担当。
3.此后，我们陆续参与了该基金会的活动和交流。在尽一份心力的同时，也在认真学习一家国际化的公益基金怎么运作、坚持和保持专注，直到2012年，我们停止了对克林顿基金会的赞助。我们有专门的团队研究并厘清基金的属性和性质，以求就事论事，清清楚楚，干干净净，明明白白，对我们关注的领域能起到推进和促动。
4.三人成虎，众口铄金，这样的事情不少。汶川地震，舆论疯传“马云倡导汶川地震捐一块钱就够了”。实际上，汶川地震后，阿里巴巴集团第一时间投入2500万成立救灾小组，长期在青川开展援建工作。每年阿里巴巴都会组织员工到当地参加志愿服务，累计已有52批。马云说：“我们将持续7年支持青川的灾后重建，7年不行，我们就再做7年！”———如今，这个救灾小组已经在青川坚持了八年，正在履行第二个“7年之约”。
5.谤随事兴，毁誉随心。2006年至今，阿里巴巴参与中国残疾人福利基金会。我们积极筹集资金，努力改善残疾人康复、教育和就业。阿里巴巴一直在努力为社会创造更多就业机会，特别是为社会弱势群体创造更加公平广泛的就业机会。30多万残疾人在淘宝开店，既服务社会、也找到人生价值；2015年12月，阿里巴巴开启“橙就未来”互联网助残就业计划，将在5年内投入3亿，为5万残疾人创造工作机会；阿里巴巴还参与发起了中国信息无障碍产品联盟，共同打造网上助残基础设施。
6.2009年，阿里巴巴支持并资助爱佑慈善基金会，先后成立了“阿里巴巴爱佑新生”和“阿里巴巴爱佑童心”专项基金，专注于孤贫儿童的医疗救助和残障儿童康复。
7.从2010年开始，阿里集团每年将营业收入的0.3%纳入公益基金，主要用于环境保护工作。截至目前，该基金累计捐出4.1亿元，用于自然环境保护、自然灾害救助、疾病救助。
8.2010年，马云加入全球最大的国际自然保护组织TNC，成为TNC全球董事会中第一位中国人。该组织通过保护代表地球生物多样性的动物、植物和自然群落赖以生存的陆地和水域，来实现对这些动物、植物和自然群落的保护。2013年，马云为TNC的中国全球保护基金捐赠500万美金。
9.2010年，马云作为发起成员之一，参与四川省绵阳市平武县老河沟保护区项目，建立了中国第一个非政府组织主导的自然保护区；马云还代表阿里巴巴集团与数家知名企业联合成立四川西部自然保护基金会，在四川当地开展保护区相关工作；马云更身体力行，联合浙江本地NGO开展水保护行动，并把这一模式推广到长江流域各个省市、地区，带动和资助了更多环保公益组织保护家乡水。
10.2012年，阿里巴巴帮助美国国家地理学会在中国成立(美国)“国家地理空气与水保护基金”，旨在寻求对中国水资源保护和空气质量问题的解决之道。正是在阿里支持下，基金得以扩大了中国的资助规模，并促进了国内优秀人才尤其是科技人才的持续加盟。
11.2013年5月，马云出任中国TNC(大自然保护协会)理事会主席。同时，作为云峰基金发起人的马云宣布将自己在云锋基金所得收益，全部捐赠给阿里巴巴公益基金。
12.2013年至今，马云夫妇作为捐助人正式加入“生命科学突破奖”基金会，马云同时出任基金会理事。马云夫妇至今每年为生命科学突破奖基金捐献300万美金，用于资助全球科学家对抗癌症、糖尿病、帕金森和其他疾病。
13.2014年4月25日，阿里巴巴两位创始人马云和蔡崇信宣布，将成立个人公益信托基金。该基金来源于他们在阿里巴巴集团拥有的期权，总体规模为阿里集团总股本的2%。根据《2014年胡润慈善榜》报道，马云以145亿元捐赠额成为“2014中国最慷慨的慈善家”。
14.2015年4月3日，马云向母校杭州师范大学捐款1亿元，设立“杭州师范大学马云教育基金”，用于资助教育研究与教育创新。
15.2015年9月10日，在阿里巴巴集团十六周年之际，马云通过公开信要求全体员工思考这样一个问题：“今天是阿里巴巴16岁的生日，想想我们应该感谢谁？”马云提出，公益是最好的庆生礼物。从2015财年开始，阿里员工每人每年必须完成3小时公益志愿服务。从2015年9月开始，截至2016年3月31日，阿里员工累计社会服务时间超越13万小时，有32000多名阿里人申报公益时超过3小时以上。
16.2015年9月16日，“马云乡村教师计划”正式启动，马云公益基金会宣布，每年将向100名乡村教师提供总额1000万元的奖金资助和持续三年的专业发展支持。马云在现场承诺：下半辈子做一名乡村教师代言人。
17.2016年7月4日，马云公益基金会在杭州发布“马云乡村校长计划”，计划10年投入约2亿元人民币，寻找和支持中国优秀的乡村校长。
18.截至2016财年，阿里巴巴通过旗下平台推动社会公众逾33亿人次参加公益行动，累积2.8亿买家、150多万卖家通过阿里巴巴平台参与公益。
19.截至2016财年，阿里巴巴公益金共资助73个国内外项目，其中环境保护领域共资助47个项目。
20.在做的事情和想做的事情还很多，做了的和在做的事情还远远不能够说完美。就如同马云在首届全球XIN公益大会上所说：公益的本质是唤醒善心，唤醒每个人内心的善良。
——人们经常在问，人之初性本善，还是人之初性本恶。我一直觉得，从太极哲学来讲，人刚出生的时候，50%的善和50%的恶是合在一起的，是教育、是文化、是信仰把我们的善意堆积了起来，善意超过了恶。但是由于世界上各种各样的原因，往往恶的东西、坏的东西会偶尔淹没我们的善良。所以，我们需要擦洗我们自己的良心、擦洗我们自己的善心——而唤醒擦洗我们自己善心最好的方法，就是参与点点滴滴公益的行动。
——所以我们相信，你捐出去的每一分钱，因为你改变了，世界就会改变，世界不会因为你的钱发生改变，是你的内心发生了变化。这世界的穷，你救不完，这世界的病，你治不光，但是我们可以把这个世界上每个人的善意和善心给唤醒，这就是我们到处每年参加各种公益的初心，这也是我们今天举办这个公益的初心。
——我们办这个XIN公益大会，真正的含义是“心”，亲情加上心里面的激情。各位，我认为心态、姿态和生态，是互为联动、合在一起的，人的心态的好坏会影响人的姿态的好坏，而姿态的好坏又影响我们这个社会的生态。
阿里巴巴集团
